Ma’had al-Jami’ah Ulil Abshar berawal dari gagasan dosen-dosen Program Studi Bahasa Arab yang menghendaki kualitas bahasa di lingkungan STAIN Ponorogo lebih baik, mengingat saat itu tidak sedikit mahasiswa Program Studi Bahasa Arab yang belum bisa baca tulis Arab dan al-Qur’an. Dengan keadaan yang sangat memperhatinkan ini menimbulkan keprihatinan di kalangan dosen-dosen Pendidikan Bahasa Arab, sehingga membuat komunitas mahasiswa bahasa yang berjumlah 28 orang di bawah asuhan Dr. Abdul Mun’im, M.Ag. dengan mengontrak sebuah rumah yang dijadikan sebuah asrama bahasa yang beralamat di Jl. Menur, barat STAIN Ponorogo. Dengan semangat dan kegigihan para mahasiswa dan dosen Bahasa Arab terwujudlah asrama bahasa STAIN Ponorogo.
Keinginan untuk lebih mengembangkan dan meningkatkan kualitas pendidikan di STAIN Ponorogo semakin tinggi pada masa kepemimpinan Drs. Rodli Ma’mun, M.Ag. Pada masa ini, sudah mulai direncanakan pendiriannya, dan realisasi pembangunan pada masa kepemimpinan Dr. Hj. St. Maryam Yusuf, M.Ag. Ma’had mulai dibangun tahun 2010 dan selesai pada 2014. Berkapasitas cukup untuk 1500 orang mahasantri. Diresmikan pada Senin, 30 Rabi’ul Awwal 1434 H/ 11 Februari 2013 oleh Prof. Dr. Nursyam, M.SI. Ma’had mulai aktif melaksanakan kegiatannya dengan hadirnya musyrif/ah dan asatidz/ah pada tahun 2014/2015.
Ma’had didirikan sebagai wadah untuk meningkatkan pembinaan mahasiswa, memberikan pembelajaran keagamaan yang lebih mendalam, serta mengatasi problematika kedangkalan pengetahuan keagamaan Islam. Pendirian Ma’had Aly didukung dengan dasar Hukum Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi. Pada Pasal 30 menyebutkan bahwa pendirian Ma’had Aly bertujuan agar memiliki keseimbangan antara IPTEK dan IMTAQ.